Приказом Министерства юстиции Российской Федерации от 02.11.1998 № 1170-к был образован контрольно-ревизионный отдел при Управлении бухгалтерского учета и отчетности ГУИН Минюста России. С 2005 года Главная контрольно-ревизионная инспекция является частью структуры Федеральной службы исполнения наказаний. В настоящее время подразделение входит в состав Управления делами ФСИН России.

Первые подразделения по работе с личным составом были созданы в 1924 году в соответствии с Приказом ОГПУ «О реформировании юридических отделов ОГПУ и учреждении при Коллегии должности «особоуполномоченного». В истории современной России отсчёт работы данных подразделений ведётся с 2 ноября 1998 года, когда Приказом Минюста № 1170-к была создана инспекция по работе с личным составом ГУИН Минюста России.